Quiero suponer que ya correguiste el problema, el cual como te han dicho, es causado por el bicho del autorrun, tus carpetas estan ahi, solo que ocultas, ahora, vamos a proceder a arregar el problema.
Primero entra a Mi pc y a el hdd que tienes de 2tb, nos vamos al menu Herramientas, Opciones de carpeta, y marcamos las casilla ver archivos ocultos, y desmarcas la casillas que dicen ocultar bla bla bla, no recuerdo bien como dicen.
si no te deja tienes bichos diferentes, bajas el malware bites y lo instalas, lo actualizas y analizas la maquina completa en busca del bicho, mientras tanto abres un cmd y escribes:
x:\attrib -s -h -r /s /d
donde x es tu unidad de disco donde estan los datos a rescatar, en cuant los desoculte, borra las carpetas que no reconoscas y si no esta analizando el maleare bites, retira la unidad.
Espero te haya servido y si lo solucionase no olvides postearlo para que otros usuarios puedan solucionar problemas parecidos.
Saludos!!
